Sin embargo, en la competición doméstica, el club acaba relegado a la séptima plaza del campeonato, camiseta seleccion española 2022 por lo que finalmente solo consigue clasificarse para la Copa Intertoto. En la fase previa de la Liga de Campeones 2005-06, el Villarreal elimina al Everton F. C. inglés y accede a la fase de grupos de la máxima competición europea de clubes por primera vez en su historia. En la fase de grupos acaba invicto y se clasifica primero (contra todo pronóstico) por delante del S. L. Benfica, Lille OSC y Manchester United, superando las posteriores eliminatorias ante el Glasgow Rangers escocés y el Inter de Milán italiano.
